Yayasan Alirena dalam program-programnya di tempat tugas di berbagai daerah di Papua turut mengembangkan terciptanya good governance. Tim yang dibentuk Yayasan Alirena turut mendampingi pembentukkan program kampung, pemetaan prioritas anggaran, dan rancangan penggunaan anggaran untuk tiap-tiap program yang dilaksanakan langsung oleh Kepala Kampung maupun Kepala Distrik.
Dalam skala top-level, Yayasan Alirena memberikan pelatihan serta pendampingan bagi terselenggaranya pengembangan sumber daya manusia bagi aparatur pelaksana pemerintahan daerah di Papua.
