Proses penyusunan dan pembentukkan program di Yayasan Alirena menggunakan proses dan alur berpikir RIM (Realita Makna dan Imajinasi). 

Dalam proses yang pertama, Realita, segala realita di lapangan yang kami temui kami petakan sesuai dengan keadaan yang sebenarnya. Hal ini ditujukan supaya kami dapat melihat dan masuk ke dalam value system orang Papua dalam kerangka berpikir mereka sendiri. 

Proses yang kedua, Imajinasi, dalam proses ini kami memetakan imajinasi maupun goals yang ingin kami capai-- sebuah realita yang kami imajinasikan dan ingin kami ubah dari realita asli yang sebenarnya. 

Proses yang kedua, Makna, dalam proses ini menjadi titik dimulainya pemaknaan atas realita dan imajinasi-- ada atau tidak gap antara keduanya dan bagaimana memperkecil gap di antara keduanya sehingga titik imajinasi dapat tercapai.