Sekolah Anak Indonesia dijalankan dengan pola sekolah berasrama satu atap. Siswa terdiri dari jenjang SD, SMP, dan SMA. 
Sekolah dan asrama berada di satu kawasan yang sama. 

Asrama SAI fokus membantu anak dalam mengembangkan karakter dalam dirinya, dengan menciptakan lingkungan komunitas yang positif dan kondusif mulai dari bangun tidur hingga tidur kembali. Siswa dilatih untuk lebih mengenal serta mengembangkan dirinya melalui kegiatan komunitas (menjadi pemimpin kelompok, PIC kegiatan, pelayan ibadah) maupun kegiatan personal. Selain itu siswa dibiasakan untuk mampu menataguna barang/fasilitas pribadi maupun komunitas yang secara langsung berdampak pada management waktu, management keuangan, dan menentukan skala prioritas. 

Siswa juga dilatih untuk menjadi pribadi yang disiplin dan mandiri dalam keseharian melalui rutinitas yang diharapkan kelak menjadi "habit" yang baik bagi mereka setelah keluar dari SAI. Harapannya semua kegiatan tersebut mendorong anak menjadi pribadi yang mandiri, stabil secara emosi, memiliki berkepribadian yang tangguh serta bertumbuh dalam iman.

Proses belajar di sekolah berpola asrama bertujuan untuk membudayakan Belajar Mandiri-- yang tetap lekat dengan identitas Papua. Belajar Mandiri terdiri dari pengembangan bakat, keterampilan, seni, keimanan, hingga skill yang berkaitan pengembangan potensi SDA-- agar dalam prosesnya, siswa yang belajar di sekolah berpola asrama dapat sampai pada titik untuk mengembankan ekonomi masyarakat di daerahnya. 

Siswa bisa berkonsultasi dengan bapak ibu guru di jam asrama tentang pelajaran sekolah baik matematika, sains, sosial, pendidikan lanjutan serta pengembangan diri. Terdapat pula pelayanan kesehatan 24 jam serta pemeriksaan kesehatan secara rutin oleh dokter dan perawat sekolah.

Kami percaya bahwa sekolah berpola asrama adalah salah satu metode terbaik bagi anak Papua untuk menumbuhkan kemandirian, keimanan, kecendekiawanan.